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发生于西苑的刺杀案很快就被东厂和锦衣卫查得清清楚楚。皇太极被杀，首级被锦衣卫送给了林丹汗。林丹汗一直不满意一些部落与建州暗通款曲，正想着要杀鸡骇猴，于是将皇太极的首级用石灰腌好，然后让一队蒙古骑兵护送着明朝锦衣卫指挥使吴孟明，到蒙古各部落进行巡展。
第一站便是与建州交好的科尔沁部落。科尔沁贝勒寨桑面色苍白，他的姐姐哲哲嫁与皇太极，他是名副其实的建州亲戚，这是没有办法否认的。此时见到皇太极首级，首先想到的是要为自己的部落找一条路。
寨桑热情地招待了吴孟明，送给他大量的金银珠宝。吴孟明推脱道：“贝勒，我们有规定，不能收受礼物。”
寨桑做了一个了然的表情道：“不是送与指挥使的，只是锦衣卫忠心为国，想请指挥使替我们犒劳一下而已。”
吴孟明心想，锦衣卫要你来犒劳吗？不过他打定主意，将收受的财物登记好，回国后交上去就行了。只要自己不贪，皇帝不会说什么的。于是就半推半就地接受道：“既然贝勒有这份心，那我就代兄弟们收下了，谢过贝勒的慷慨。”
见吴孟明收了东西，寨桑心中大定。他笑着说道：“不知大明皇帝陛下对我草原女子是什么看法。在下有两女，一名海兰珠，一名布木布泰，今年十六岁和十三岁，正是花一般的年纪，被称为科尔沁的双子明珠。有意敬献给大明皇帝，还请指挥使成全。”
皇帝不好女色，这是大明众臣都知道的，吴孟明自然不会答应：“贝勒，我家皇帝陛下一直不好女色，现在都只有一后二妃，只能多谢贝勒的好意了。……您刚才说您女儿叫什么？”
寨桑正在沮丧，不想吴孟明突然问起女儿名字，下意识地说道：“小女名海兰珠和布木布泰。”
吴孟明沉吟不语，上次骆思恭说过，陛下似乎对一个叫木布泰的科尔沁女子有些意思，这个布木布泰会不会就是木布泰。
他为了保险道：“请问贝勒，科尔沁可有一个叫木布泰的女子？”
寨桑道：“没有叫木布泰的，不过小女布木布泰也叫做本布泰。”
吴孟明心想，应该就是这个女子了。想不到皇帝陛下好这口，十三岁的女孩子，嗯嗯，正是身轻体柔的时候。他说道：“既然贝勒对我大明皇帝如此恭敬，那我在巡查完后将贝勒两女护送回京城，敬献给我皇。”
寨桑见竟然有如此峰回路转之事，自然是喜不自胜。他笑道：“指挥使先去巡视，我们部落会将两女嫁妆准备齐全，等指挥使回来时再一起随着回京。”他将两女献给大明皇帝，那大明也不会再追究他们部落往日里和建州的一些小事情了。
吴孟明继续他的巡查，这一行的目的就是要震慑蒙古人，让他们知道大明皇帝的威严与仁慈。对于收蒙古人之心是非常重要的一件事。
经过由大理寺卿组织的特别法庭审理后，王洽被剐于西市，张惟贤被腰斩弃市，王治被斩首示众，其他人犯均被斩首或者处以绞刑。
而借此机会，皇帝又以心怀怨意的罪名，罢黜了一部分和王洽气味相投的朝廷官员，其中大部分是东林人。而且还规定，以后京师大学堂招生，将不再允许在东林书院进修过的学子报名。
这个决定让方从哲等人拍手相庆，而叶向高等人则大为沮丧。这天阁臣开会时，叶向高道：“陛下，不准东林人报考京师大学堂，一来对东林人不公，二来会激起他们心里的怨气，而对陛下的政策说三道四，老臣以为，这殊为不智。”
朱由校说：“朕不过是不准他们报考京师大学堂而已。古语有云，道不同不相为谋。东林兴理学而弃心学，朕欲兴心学而弃理学，既然方向不同，那又何必强求。再说朕只是不要他们报考京师大学堂，又没有说不让他们参加科举。另外，如果想要报考京师大学堂也行，只需要写一纸声明，表示不同意东林书院的理学观点，而拥护朕所提倡的心学，那么还是可以报考的。”
叶向高道：“陛下，老臣看陛下平日所说，便是要听百家之言，东林虽然与陛下所持相左，不也是可以为他山之石吗？”
朱由校笑道：“叶师，您所说的正是朕所想的，确实是要听百家之言。但听取百家之言，是朕最后的目标，在实现这个目标的过程中，如果有人或者团体与朕看法不同，朕是不会听的。朕对东林人的看法与叶师，与朝中众臣都有不同。不是说出自东林书院的人就是东林人，而是只要与朕的想法相左的就是东林人。”
“朕想要限制皇权，朕想要让每个人都平等，朕想要这天下的官员都不贪污，哦，这个是不可能的，但是可以想办法，让他们不敢贪污，一贪污就会被捉住。这些都是朕的想法，而要实现朕的想法，那就首先要树立朕的权威。要让朕说的话，天下人都拥护，当然，全部拥护是不可能的，但作为读书人，至少不能公开反对。”
“叶师自然知道《东林会约》，里面规定以会籍登记书院讲会同人，会中称同志友、同志、吾党、各郡各县同志、同志会集等，他们集在一起，讽议朝政，裁量人物，这还是学院吗？这是要讲学吗？这是要公然与朕作对。试问叶师，如果您坐在朕的位置上，您能容忍吗？”
“本来朕是准备禁毁东林书院的，但后来想了一下，东林人也并不是全部如此，象叶师，孙阁老都是明白人，如果禁毁书院，则会让诸位面子上不好看。所以最后才决定用这样的方法要警示他们，希望他们不要做得太过火。”
朱由校其实说得已经是比较隐晦了，如果真的禁毁东林书院，则大臣们一定会攻击叶向高和孙承宗等人，必让他们下台才安心。